Forts de l’engouement du grand public pour le microbiote, des laboratoires de biologie médicale ou des sociétés « spécialisées » proposent des tests de microbiote fécal à des tarifs élevés. Ces tests, réalisés sur des autoprélèvements de selles, sont présentés comme un examen biologique approprié pour une première évaluation approfondie du microbiote intestinal avec la promesse de fournir des données qu’un médecin pourrait exploiter.
Les résultats sont parfois accompagnés de conseils thérapeutiques dits « personnalisés », basés sur les résultats obtenus. Certains laboratoires vont même jusqu’à proposer des thérapies « régulatrices » promettant la « revitalisation du corps et le retour à la santé », alors que ni l’efficacité ni l’innocuité de ces thérapies ne sont, à ce jour, formellement démontrées.
En réalité, de nombreux défis sont encore à relever avant que ces « tests microbiote » puissent être reconnus comme un examen de biologie médicale. Selon le code de la santé publique, un examen de biologie médicale est un « acte médical qui concourt à la prévention, au dépistage, au diagnostic ou à l’évaluation du risque de survenue d’états pathologiques, à la décision et à la prise en charge thérapeutiques, à la détermination ou au suivi de l’état physiologique ou physiopathologique de l’être humain, hormis les actes d’anatomie et de cytologie pathologiques ».
Les données scientifiques ont permis d’établir l’importance d’une alimentation équilibrée, des associations entre le microbiote intestinal et certaines pathologies, et l’influence du microbiote intestinal sur l’efficacité de certains traitements, notamment anticancéreux. Cependant, il n’a pas été démontré à ce jour que la seule connaissance du microbiote d’un individu était suffisante pour améliorer sa santé ou même prévenir une maladie. De la même manière, de nombreuses corrélations ont été établies pour d’autres microbiotes (cutané, vaginal, oral, respiratoire…) avec différentes maladies, mais aucune connaissance ne permet actuellement de poser des diagnostics et d’interpréter avec exactitude les paramètres du microbiote.
Une variabilité considérable
L’écueil fondamental des « tests microbiote » réside dans notre incapacité actuelle à définir précisément ce qu’est un microbiote sain. Plusieurs études, impliquant un large éventail de volontaires, ont révélé que la variabilité du microbiote intestinal chez les individus en bonne santé est considérable, liée notamment au mode d’alimentation. En fait, une grande partie de cette variabilité, à hauteur de 85 %, reste inexpliquée et le déséquilibre du microbiote intestinal observé chez un individu ne peut pas être extrapolé à d’autres.
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